با صدور فرمان رهبر معظم انقلاب(مدظله‌العالی) ابتدا دفتر این کانون در محل وزارت کشور تشکیل و پس از آن در سال 1383 در قالب یک ستاد زیرمجموعه نهاد ریاست جمهوری فعالیت خود را گسترش داد.
در سال 1383، محمدباقر قالیباف با حکم رییس جمهوری به عنوان رییس ستاد مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز منصوب شد. پس از وی در آبان‌ماه سال 1384، محمدرضا نقدی، ریاست ستاد را عهده‌دار شد. سپس در تیرماه سال 1386، غلامحسین الهام، جایگزین نقدی شد و پس از الهام در اواخر آذرماه 1388، سعید مرتضوی و پس از وی در تیرماه سال 1391، فداحسین مالکی به ریاست ستاد رسید. در مهرماه سال 1392، با حکم حسن روحانی، رییس محترم جمهوری، حبیب‌الله حقیقی به عنوان رییس ستاد مرکزی مبارزه باقاچاق کالا و ارز انتخاب شد.
